I augusti 1939 kom Nazityskland och Sovjetunionen överens om att dela Polen mellan sig. Nazityskland invaderade Polen den 1 september. Två dagar senare förklarade Frankrike och Storbritannien krig mot Nazityskland. Den 17 september gick den sovjetiska armén in i östra Polen, i områden som idag ligger i Ukraina och Belarus. I början av oktober var Polen besegrat.

I Polen fanns cirka 3,3 miljoner judar 1939. Under krigsåren drabbades de hårt av nazisternas förföljelser och mord. När andra världskriget tog slut fanns bara cirka 380 000 polska judar kvar i livet. Utöver de polska judarna mördades ytterligare cirka 2 miljoner polska medborgare av nazisterna, bland dem politiska motståndare och polska intellektuella.

Efter ockupationen av Polen började nazisterna skapa så kallade getton i de polska städerna. De tvingade judar att bo i små, begränsade delar av städerna. Med tiden inhägnades och stängdes de flesta av dessa getton, judarna inte fick inte längre lämna gettot utan tillstånd. I några av dem, till exempel i Warszawas getto, fanns även grupper av romer.

Invånarna tvingades att arbeta i gettots fabriker, både för privata företag och för den tyska krigsindustrin. Trångboddhet, sjukdomar och svält var en del av vardagen i gettot och dödligheten var extremt hög. Från våren 1942 fungerade många getton också som uppsamlingsplatser när nazisterna deporterade judar och romer till förintelseläger.

Antisemitismen levde kvar i Polen efter kriget och det förekom pogromer, en våldsam och ofta samordnad förföljelse av en folkgrupp. I staden Kielce mördades 42 judar i en pogrom sommaren 1946. Antisemitismen och förföljelserna gjorde att tusentals överlevande judar inte såg någon framtid i Polen och valde att flytta därifrån. År 1967 startade det kommunistiska partiet i Polen en antisemitisk kampanj där judar utmålades som förrädare. Detta ledde till att nästan alla återstående judar fördrevs från det kommunistiska Polen.